O PMM realiza o resgate e a reabilitação de mamíferos marinhos encalhados na costa do CE, e investiga a causa da morte em carcaças encalhadas. Amostras são coletadas para a realização de diversos estudos (contaminantes, genética, dieta, sanidade, etc). Filhotes órfãos de peixes-bois são encaminhados para o Centro de Reabilitação de Mamiferos Marinhos onde, após passar por um processo de reabilitação, serão devolvidos a natureza de preferência em seu local de origem, para que a população possa se reestabelecer. Cetáceos vivos são preferencialmente reabilitados em ambiente natural, como barras de rio e lagoas costeiras.

Estudos etnobiológicos e de ecologia populacional tem sido desenvolvidos em um dos estuários mais bem conservados do NE, o Complexo Estuarino Timonha/Ubatuba e águas costeiras adjacentes (CE/PI). Tais estudos subsidiaram a proposta de criação de um Refúgio de Vida Silvestre inserido na APA do Delta do Parnaíba, de forma a garantir a qualidade de habitat para o peixe-boi e aves migratórias na região, incentivar a pesca artesanal sustentável, combater a pesca predatória e outras atividades humanas danosas ao ambiente. Na divisa do CE/RN, o PMM vem efetuando pesquisas sobre a espécie, suas necessidades ecológicas e as atividades humanas que causam risco para o peixe-boi. Estudos de distribuição espacial, abundância e rastreamento por satélite (em parceria com ICMBio, UERN e Funbio) possibilitaram a proposição da ampliação de 2 APA’s municipais, garantindo a proteção de importantes áreas de alimentação e recursos hídricos para os animais.

O boto-cinza é o cetáceo com o maior índice de mortalidade no Estado do CE. Em 24 anos de trabalho já foram registrados 500 animais encalhados na região costeira. Como apenas uma parcela das carcaças vem dar à praia, o número de botos mortos no litoral cearense chega a números alarmantes. O PMM vem fazendo um esforço para identificar áreas críticas, incentivando a criação de políticas públicas e a mudança de atitude das comunidades. A população de botos que habita a Enseada o Mucuripe (Fortaleza/CE) é uma das mais ameaçadas. Conta com apenas 41 indivíduos, que sofrem com perda e degradação de habitat, poluição e capturas acidentais. A espécie é considerada Patrimônio Natural de Fortaleza, mas pouco tem sido feito pelo poder público para a proteção desta espécie.

O PMM utiliza o monitoramento de praias como uma ferramenta para o registro de encalhes de mamíferos marinhos, tanto em projetos de pesquisa e conservação quanto naqueles relacionados ao licenciamento ambiental. Os indivíduos mortos são recolhidos e, quando em condições, passam por um detalhado exame necroscópico para determinar a causa mortis. Amostras e esqueletos são depositados na Coleção Biológica da Aquasis, que dão suporte a diversos pesquisadores nacionais e internacionais na realização de pesquisas. Animais vivos são encaminhados para reabilitação no CRMM, em ambiente natural ou destinados a outras instituições devidamente licenciadas para tal atividade.

Além de palestras de sensibilização, o PMM oferece cursos e oficinas de primeiros socorros para moradores das comunidades, de forma instruí-los no caso de encalhes de mamíferos marinhos.Também incentivamos eventos nas comunidades, valorizando e resgatando a cultura local e introduzindo o peixe-boi e o boto-cinza como espécies símbolo da conservação do ambiente marinho.

Uma das estratégias de conservação dos mamíferos aquáticos adotadas pelo PMM é o estímulo à criação de políticas públicas que visem proteger as espécies e seus habitats. Duas leis municipais foram criadas para proteção do peixe-boi em Aracati (Lei No. 394 de 2011) e Icapuí (Lei No. 655 de 2015). Já em Fortaleza, a Lei Municipal No. 9949 de 2012 declara o boto-cinza como Patrimônio Natural de Fortaleza, elegendo o dia 04 de Julho como o dia Boto-cinza e dando responsabilidade ao poder público e a coletividade a proteção da espécie e seu habitat. Além das leis municipais, o PMM vem atuando em conjunto com outros projetos da Aquasis na proposta de criação e regulamentação de Unidades de Conservação que visam proteger os mamíferos marinhos e outras espécies que ocorrem na zona costeira do CE.

Em 2010, pesquisadores se reuniram para identificar ações para a conservação do peixe-boi marinho, publicadas em 2011 como um Plano de Ação (PAN de Sirênios) com duração de 5 anos. A Aquasis participou da elaboração e da execução das ações do PAN, bem como do Comitê de monitoramento. Também elaborou, em conjunto com diversos atores, um Plano de Ação local para os municípios de Beberibe, Fortim, Aracati e Icapuí. A instituição participou da elaboração e do monitoramento do PAN de Pequenos Cetáceos, que contam com diversas ações voltadas ao boto-cinza e outros cetáceos que ocorrem no litoral cearense.